NNé aux Comores le 28 juillet 1962, Souef Mohammed El-Amine a effectué des études de lettres modernes françaises, puis de traduction et de diplomatie. Marié et père de 4 enfants, il a débuté sa carrière diplomatique au ministère des Affaires étrangères des Comores en tant que chef de la Division coopération bilatérale Afrique/Asie, de  janvier 1991 à avril 1993.
Il s’est vite fait remarquer pour ses compétences et sera aussitôt nommé au poste de  conseiller technique auprès du Président de la République de 1993 à 1994, avant de se voir confier les fonctions d’Ambassadeur extraordinaire et plénipotentiaire des Comores auprès de la République Arabe d’ Egypte et Représentant permanent auprès de la Ligue Arabe de Septembre entre 1994 et 1998. Le président Mohamed Taki Abdoulkarim a ensuite décidé en 1998 de le nommer au gouvernement en qualité de Secrétaire d’Etat chargé de la Coopération avec le Monde Arabe.
En avril 1999, à la faveur de l’interposition de l’armée au pouvoir, Souef Mohammed El-Amine deviendra ministre d’Etat, ministre des Affaires étrangères du nouveau régime. Il y restera six ans avant de prendre la direction de la Société nationale des Hydrocarbures, de juillet 2005 à février 2006.